ヨーグルトは原料乳を乳酸菌で発酵させたものですが、種類によって製造方法は異なります。製造方法は、原料をタンクで発酵させ、容器に充填する「前発酵タイプ」と、原料を容器に充填した後に発酵させる「後発酵タイプ」の2つに分けられます［図3-25、3-26］。
スターター（種菌）として使われる乳酸菌は、ブルガリア菌とサーモフィルス菌の組み合わせが多く、他にアシドフィルス菌やヘルベティカス菌も使います。

殺菌した原料乳に乳酸菌スターターを加え、容器に詰めた後、発酵させます。
①加熱殺菌：牛乳などの原料乳を90～95 ℃ で5分間殺菌した後、40～45℃に冷却します。
②乳酸菌添加：純粋培養した乳酸菌（種菌またはスターターと呼ぶ）を2～3％量加えます。
③充填：乳酸菌を加えた乳を容器に充填します。
④発酵：温度を一定に保った発酵室に入れ発酵させます。使用する乳酸菌の種類によって条件は異なりますが、40℃前後の温度で4～6時間発酵させると、酸度が0.7～0.8％になります。
酸度が上がったことを確認し、速やかに10℃以下に冷却し、発酵を終わらせます。冷却中もわずかに酸度が上昇し、0.9～1.0％の食べ頃の酸度になります。
pHとしては5.0以下になります。